Naturalisti, biologi e zoologi da ogni parte del mondo si sono dedicati allo studio e alla sistematica della fauna di Capri. L'isola ospita piccoli mammiferi, molte specie di uccelli, anche migratori, e una discreta quantità di invertebrati, tra molluschi, artropodi e insetti. Naturalmente anche la fauna marina ha una grossa rilevanza perché nelle acque intorno all'isola di Capri si possono osservare numerosi mammiferi, pesci, rettili e invertebrati.
La flora dell'isola di Capri è costituita principalmente dalla macchia mediterranea. Troviamo arbusti e alberi con foglie piccole e uno spesso strato ceroso, che riduce al minimo la perdita d'acqua durante le ore più calde del giorno, proteggendo la pianta dalla siccità. È facile incontrare esemplari di lentischio, mirto, corbezzolo, erica, diverse varietà di pini, cipressi, lecci, qualche quercia. Moltissime piante sono state importate a Capri e sono attecchite avendo trovato sull'isola un habitat ideale. Numerose piante che popolano l'Isola sono coltivate nel Giardino della Flora Caprense nei pressi della Piazzetta, altre nei giardini di Villa San Michele ad Anacapri.
La Lucertola Azzurra (Podarcis sicula coerulea)
La Lucertola Azzurra appartiene alla breve lista di rettili che popolano l'isola di Capri. Essa ha la caratteristica singolare di avere le squame di colore azzurro e vive esclusivamente sui Faraglioni e sullo scoglio del Monacone a Capri. È un caso di mimetismo ed evidentemente questa colorazione le conferisce una scarsa appetibilità o la rende meno visibile ai predatori.
Il falco pellegrino (Falcus peregrinus)
Il falco pellegrino è un rapace con sua forma compatta, pettinata, levigata e con coda corta. Attualmente a Capri ci sono poche coppie di questi rapaci. I cacciatori di Capri usano distinguerli in base al territorio d'appartenenza: abbiamo così il falco di Tiberio, di Cala Marmolata, di Tuoro e di Capodimonte.
I Totani (Totarodes sagittatus)
Tra gli invertebrati marini è doveroso ricordare i totani, la cui pesca impegna con passione le notti estive di tanti capresi e le cui carni sono alla base dei piatti tipici dell'Isola. I totani sono cefalopodi appartenenti alla famiglia Omnastrephidae: simili ai calamari, si differenziano da questi per la diversa forma delle pinne. Oltre al totano comune esistono totani volatori che utilizzano questa caratteristica per scappare dai predatori saltando fuori dall'acqua. A Capri si usa distinguerli in totani neri e totani veraci, a seconda della specie a cui appartengono.
La Ginestra (Spartium junceum)
La Ginestra fiorisce a Capri ogni anno da maggio a giugno. Sull'Isola sono diverse le specie appartenenti alla famiglia delle Ginestre, come la ginestra spinosa con venature vermiglie e quella con i fiori giallo intenso. Singolare è il rapporto con la ginestra dei due Comuni dell'isola, Capri ed Anacapri: a Capri è detta "il fiore di San Costanzo", patrono dell'isola festeggiato il 14 maggio, quando la ginestra è nel periodo di massima fioritura; ad Anacapri è soprannominata "il fiore di S. Antonio", patrono di Anacapri, perché qui fiorisce più tardi, verso la metà di giugno, quando viene celebrato il Santo.
Gli aromi
Gli aromi sono la più importante caratteristica gastronomica di ogni paese. A Capri ci s'immerge nei profumi mediterranei ed è usanza di ogni massaia avere sul davanzale vasi in terracotta con i propri aromi. Gli aromi tipici di Capri sono il basilico, con foglie verdi medio grandi, la maggiorana, l'origano, con piccole foglie verde scuro, il prezzemolo, il timo. Tutti profumatissimi.
I limoni
Gli agrumi sono giunti a Capri probabilmente nel X secolo, e da allora caratterizzano i colori e il profumo che si sente nell'aria. I limoni, nati come pianta ornamentale, furono presto utilizzati per la bontà del succo e per le proprietà degli oli essenziali estratti dalle bucce. Famosissimo in tutto il mondo il liquore al limone "Limoncello", da gustare gelato. Il limone di Capri, detto "femminiello", ha forma ellittica allungata, dimensioni medio grosse. La prima fruttificazione avviene a ottobre, con i frutti più succosi dell'anno, a marzo maturano i limoni giallo chiaro, detti "bianchetti", e a giugno i "verdelli", verdi. Questo tipo di limone ha ricevuto il riconoscimento di Indicazione Geografica Protetta (IGP) e può essere coltivato, con metodi biologici, soltanto a Capri e nella Penisola Sorrentina.
L'uva ed il vino
A Capri la tradizione vinicola è antichissima. I Romani usavano bere il vino diluito con acqua, e nel Settecento il vino di Capri era paragonato ai migliori vini campani, come il Lacryma Christi del monte Vesuvio. Nel Novecento ne decantano la prelibatezza Pablo Neruda ed Axel Munthe. I vitigni rigorosamente capresi sono l'"Uva Rassa" e il "Ventroso". L'Uva Rassa è tipica di Anacapri, vive al di sotto degli ulivi, su terreni soggetti a siccità e in zone ben ventilate; ha grappoli piccoli e buccia spessa e amara. Viene utilizzata per dare corpo al vino. Il Ventroso prende il nome dalla zona di Capri dove è maggiormente coltivata; ha grappoli medio grossi, gli acini sono bianchi con un puntino nero al centro. Viene consumata come uva da tavola.
Le olive
Le olive di Capri derivano da piante simili a quelle che si trovano sulla Penisola Sorrentina, con frutti piccoli adatti alle zone soggette a siccità. Da queste olive si ricava un olio eccellente, un tempo anche esportato e la sua vendita rappresentava una delle maggiori fonti di sostentamento per la popolazione.